یکی از جنبه‌های مهم زندگی مرتضی قلیخان، فعالیت‌های صنعتی و نقش او در تاسیس و راه‌اندازی کارخانه و سایر امور صنعتی بود، به‌طوری که ناصرالدین‌شاه به همین دلیل، لقب صنیع‌الدوله را به وی اعطا کرد.
در واقع، صنیع‌الدوله به‌واسطه آشنایی با تحولات صنعتی اروپا و همچنین نیاز به ایجاد تحول در صنایع ایران، به‌ویژه صنعت نساجی، اقدام به تاسیس کارخانه ریسندگی کرد.
به گزارش سایت نساجی امروز به نقل ازدنیای اقتصاد، وی ابتدا توانست یکی از رجال پولدار زمان خود، یعنی محمدتقی شاهرودی را به سرمایه‌گذاری جهت تاسیس کارخانه تشویق کند.
مخبرالسلطنه که خود یکی از سهامداران کارخانه بود، راجع به تاسیس آن این‌گونه شرح می‌دهد: «حاج محمدتقی شاهرودی خواب دیده بود، تهران را چراغان کرده است. گفته بودند کار عام‌المنفعه خواهی نمود، به خیال خودش نزد صنیع‌الدوله آمد و در آوردن کارخانه کاغذسازی شور کرده، گفتند ریسمان‌ریسی و چلواربافی اولی است. قرار شد ریسمان‌ریسی را مقدمتا بخواهند، ۱۵هزار تومان حاجی گذارد و ۱۵هزار تومان صنیع‌الدوله.
کارخانه ۲هزار و ۳۰۰دوک تمام‌تاب سفارش داد و ۱۰هزار تومان از ۱۵هزار تومان را صنیع‌الدوله از حاجی قرض کرد. شخصا در ابتدا ۵هزار تومان داد و آن ۱۰هزار تومان را به حاجی محمدتقی مقروض ماند تا در افراز با ورثه محسوب گشت. کارخانه با این مایه انجام نگرفت، پدرم ۲۲هزار تومان محل داشت، به حاجی داد که ۱۵هزارش از من باشد و ۱۱هزارش از اخوی محمد قلیخان. اسباب کارخانه رسیده بود و بعضا سوار شده بود، روز ۱۳ نوروز ناصرالدین‌شاه به بازدید کارخانه آمد، فرمودند لقبی که با مورد(به‌جا) داده‌ایم، صنیع‌الدولگی به مرتضی قلیخان است و تمجید کردند.»
این کارخانه با صرف هزینه هنگفت و زحمات صنیع‌الدوله و محمدتقی شاهرودی و حمایت مخبرالدوله و شاه تاسیس و محصول آن نیز وارد بازار شد. در کتاب «تاریخ افضل» وضیعت کارخانه این‌گونه تشریح شده است: «کارخانه‌ای که امروز در ایران خوب پیشرفت کرده و در امور آن تعلل نشده و ضرری فراهم نیامده، کارخانه ریسمان‌بافی است. جناب صنیع‌الدوله، وزیر سابق خزانه احداث کرده و حاجی محمدتقی شاهرودی، مدیر و معاون این عمل است. در نهایت خوبی از عهده برآمده، هنرها به کار می‌برند، هرگونه اسباب و ادوات آهنی و چرخ از اروپ آورده به‌درستی و صحت رفتار می‌کنند و از مزد دادن به عمله‌جات آگاهند و اسراف و اتلاف در کار ندارند.»
اما این کارخانه مدتی بعد از کار افتاد. یکی از عمده‌ترین دلایل این اتفاق نفوذ دو قدرت استعماری یعنی روسیه و انگلیس در امور داخلی ایران بود: «چلواربافی و شماعی از موسسات اول سلطنت ناصرالدین‌شاه چرا خوابید، آن همه صحبت از راه‌آهن چرا دم‌به تو شد (با سکوت مواجه شد) پیشنهاد صنیع‌الدوله به قند و چای چرا سر نگرفت، کارخانه قندسازی کهریزک چرا از کار ماند، ریسمان‌ریسی صنیع‌الدوله چرا چله شد، همه این چراها یک جواب دارد؛ زیرا عهدنامه ترکمان‌چای دست اقداممان را بسته بود.»
اما این تجربه تلخ صنیع‌الدوله در تاسیس کارخانه باعث دلسردی وی در امور صنعتی نشد، بلکه با پشتکار بیشتر اقدامات دیگری را در ایجاد صنایع جدید در ایران انجام داد؛ از جمله در اواخر عمر ناصرالدین‌شاه کوره آهن‌تراشی به راه انداخت و در سال ششم سلطنت مظفرالدین‌شاه آسیای بخار در تهران راه‌اندازی کرد.
آرمان اصلی صنیع‌الدوله کشیدن راه‌آهن در ایران بود و در این زمینه مذاکراتی با دولت آلمان انجام داد و حتی رساله‌ای در این خصوص با عنوان «راه نجات» به رشته تحریر درآورد و در آن ادعا کرد که یگانه راه نجات ایران، کشیدن راه به‌ویژه راه‌آهن است.
منبع: مخبرالسلطنه هدایت، مهدی قلیخان. خاطرات و خطرات، توشه‌ای از تاریخ پادشاهی شش پادشاه و گوشه‌ای از دوره زندگی من، تهران: انتشارات زوار.